※ 공고·제도·제출 양식은 수시로 변경될 수 있으므로, 신청/제출 전 원문 공고·기관 안내를 반드시 확인하세요.
직원 수가 많지 않은 중소기업이나 스타트업에서 연구개발 조직을 만들 때 연구개발전담부서를 먼저 검토하는 경우가 많습니다. 기업부설연구소와 달리 기업 규모에 관계없이 연구전담요원 1명 이상이라는 인적요건을 적용하기 때문에 소규모 기업도 상대적으로 접근하기 쉽습니다.
하지만 직원 한 명을 연구원으로 지정했다고 자동으로 인정되는 것은 아닙니다. 해당 인력이 연구전담요원 자격을 갖춰야 하고 연구개발 업무를 전담해야 하며, 별도의 연구공간과 연구기자재 등 물적요건도 갖춰야 합니다.
특히 2026년 2월 1일부터 「기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률」과 시행령·시행규칙이 시행되고 있으므로 과거 제도를 설명하는 자료보다 현재 인정기준을 확인하는 것이 중요합니다.
연구개발전담부서는 기업이 연구개발을 전담하는 조직과 인력·공간 등의 요건을 갖추고 한국산업기술진흥협회에서 인정받는 제도입니다. 2026년 기준 기업 규모와 관계없이 연구전담요원 1명 이상이 필요하며, 연구공간과 연구기자재 등 물적요건까지 갖춘 뒤 온라인으로 인정 신청해야 합니다.
- 12026년 연구개발전담부서는 기업 규모와 관계없이 연구전담요원 1명 이상을 확보해야 합니다.
- 2연구전담요원 숫자뿐 아니라 학력·자격·경력 등의 자격요건과 연구개발 전담 여부를 함께 확인해야 합니다.
- 3연구개발을 수행할 전용 연구공간과 연구용 기자재 등 물적요건도 갖춰야 하며 선설립·후신고 방식입니다.
- 4전담부서 인정 자체가 모든 연구개발비의 세액공제를 자동 보장하는 것은 아니므로 조세특례제한법상 비용 요건을 별도로 확인해야 합니다.
연구개발전담부서란?
기업부설연구소·연구개발전담부서 인정제도는 일정한 요건을 갖춘 기업의 연구개발전담조직을 인정함으로써 기업 내부의 독립적인 연구조직을 육성하고 연구개발 활동을 지원하기 위한 제도입니다.
신고 대상은 과학기술 분야 또는 서비스 분야의 연구개발활동을 수행하는 기업이며 개인기업도 포함됩니다. 반면 일반적인 비영리기관이나 의료법인 등은 기업과 동일한 방식의 신고 대상이 아닙니다.
연구개발전담부서도 단순한 회사 내부 조직명과는 다릅니다. 회사가 자체적으로 조직도에 ‘R&D팀’이나 ‘연구개발부’라고 표시하는 것만으로 법령상 연구개발전담부서로 인정되는 것이 아니라, 정해진 요건을 갖춘 뒤 인정 절차를 거쳐야 합니다.
기업부설연구소와 연구개발전담부서는 무엇이 다를까?
두 제도 모두 기업의 연구개발조직을 인정한다는 공통점이 있지만 가장 눈에 띄는 차이는 필요한 연구전담요원 수입니다.
| 구분 | 필요한 연구전담요원 |
|---|---|
| 연구개발전담부서 | 기업 규모와 관계없이 1명 이상 |
| 벤처기업 부설연구소 | 2명 이상 |
| 연구원·교원 창업 중소기업 부설연구소 | 2명 이상 |
| 소기업 부설연구소 | 3명 이상, 창업일부터 3년까지는 2명 이상 |
| 중기업 부설연구소 | 5명 이상 |
| 중견기업 부설연구소 | 7명 이상 |
| 대기업 부설연구소 | 10명 이상 |
예를 들어 연구개발을 담당할 적격 인력이 1명뿐인 중소기업이라면 기업부설연구소의 인적요건을 충족하지 못하더라도 연구개발전담부서의 인적요건은 검토할 수 있습니다.
다만 1명만 있으면 무조건 인정된다는 의미는 아닙니다. 해당 직원이 연구전담요원의 자격을 갖춰야 하며 연구공간 등 다른 인정요건도 충족해야 합니다.
연구개발전담부서의 핵심 인정요건
인정요건은 크게 인적요건과 물적요건으로 나누어 확인하는 것이 좋습니다.
| 구분 | 주요 확인사항 |
|---|---|
| 연구전담요원 | 1명 이상 |
| 연구전담요원 자격 | 학위·기술자격·연구경력 등 적용되는 자격기준 충족 |
| 업무 | 기업의 연구개발활동을 전담 |
| 연구공간 | 다른 부서와 구분되는 연구개발 전용공간 확보 |
| 연구기자재 | 연구개발에 사용하는 전용 기자재를 연구공간에 배치 |
따라서 신청 준비 단계에서 ‘직원 1명이 있다’는 사실만 확인하지 말고 그 직원의 전공과 학위, 자격증, 경력 및 실제 담당업무까지 검토해야 합니다.
연구전담요원은 아무 직원이나 등록할 수 있을까?
그렇지 않습니다. 연구전담요원에게는 법령과 인정기준에 따른 자격요건이 있습니다. 기업의 규모와 연구분야 등에 따라 인정할 수 있는 학력·기술자격 및 필요한 연구경력이 달라질 수 있습니다.
과학기술 분야에서는 자연계 분야 학위 등이 중요한 판단기준이 되며, 일정한 전문학사 학력이나 국가기술자격을 보유한 경우에는 연구경력 등을 추가로 요구할 수 있습니다.
또한 산업디자인 및 서비스 분야에서는 기업의 업종과 연구활동 분야에 따라 비자연계 분야 전공자도 인정될 수 있으므로 단순히 ‘공대 졸업자만 가능하다’고 판단해서는 안 됩니다.
TIP. 직원을 연구전담요원으로 지정하기 전에 졸업증명서의 학과명, 국가기술자격증, 이전 회사에서의 연구경력 증빙 등을 먼저 확보해 현재 자격기준에 맞는지 확인하는 것이 좋습니다. 자격요건이 맞지 않으면 연구공간을 모두 준비해도 인정 과정에서 보완이 필요할 수 있습니다.
대표이사도 연구전담요원이 될 수 있을까?
연구개발전담부서를 준비하면서 자주 발생하는 질문입니다. 특히 직원이 많지 않은 초기 기업에서는 대표자를 연구전담요원으로 등록할 수 있는지가 중요할 수 있습니다.
연구전담요원은 연구개발활동을 전담하는 인력이어야 하므로 직책만으로 판단해서는 안 됩니다. 대표이사나 임원이 기업 경영·영업·관리 등 다른 업무를 함께 수행하는 경우 연구개발 업무를 전담한다고 보기 어려울 수 있습니다.
따라서 대표자 또는 임원을 연구전담요원으로 등록하는 문제는 단순히 학력이나 기술자격만 확인할 것이 아니라 실제 업무형태와 연구전담 여부까지 신고관리시스템의 최신 기준에 따라 확인해야 합니다.
연구공간은 어떻게 만들어야 할까?
연구개발전담부서는 실제 연구개발을 수행할 수 있는 전용 연구공간을 갖춰야 합니다.
2026년 신고관리시스템이 안내하는 물적요건에서는 연구공간을 다른 부서와 구분하고 연구개발을 위한 전용공간임을 명확히 식별할 수 있도록 요구하고 있습니다. 일반적인 독립공간은 다른 부서와 구분되는 벽체와 별도 출입문 등을 갖추는 방식으로 구성합니다.
연구개발용으로 사용하는 기자재도 연구공간에 위치해야 합니다. 연구전담요원 또는 연구보조원이 연구개발용으로만 사용하는 연구전용 기자재가 대상입니다.
또한 연구소·전담부서는 원칙적으로 무허가건물이나 가건물, 아파트를 포함한 주거용 건물 등에 설치할 수 없으므로 사업장의 건축물 용도도 사전에 확인해야 합니다.
사무실 한쪽에 책상만 놓아도 인정될까?
일반 사무공간 한쪽에 연구원의 책상만 놓고 ‘연구개발전담부서’라는 명칭을 붙이는 방식으로는 충분하지 않을 수 있습니다. 연구공간은 다른 업무공간과 물리적으로 구분되고 연구개발 전용공간이라는 점을 확인할 수 있어야 합니다.
다만 기업 유형과 연구공간 규모 등에 따라 예외적인 공간 구분 기준이 적용될 수 있습니다. 따라서 작은 회사라고 무조건 별도의 대형 연구실이 필요한 것은 아니지만, 본인 회사가 예외기준을 적용받을 수 있는지는 현재의 물적요건을 확인해야 합니다.
신청 과정에서는 층 전체도면과 연구개발부서 내부도면뿐 아니라 전용 출입구·현판 및 내부 사진 등을 제출하게 되므로 실제 공간과 제출자료가 일치하도록 준비하는 것이 중요합니다.
연구개발전담부서는 어떻게 신청할까?
연구개발전담부서 인정은 선설립·후신고 방식입니다. 앞으로 만들겠다는 계획서만 제출하는 것이 아니라 연구전담요원과 연구공간 등 인정요건을 먼저 갖춘 상태에서 신청해야 합니다.
신고는 기업부설연구소/연구개발전담부서 신고관리시스템을 통해 온라인으로 진행합니다.
- 기업에서 수행할 연구개발활동의 내용과 분야를 정합니다.
- 자격요건을 갖춘 연구전담요원을 1명 이상 확보합니다.
- 다른 업무공간과 구분되는 연구개발 전용공간을 준비합니다.
- 필요한 연구기자재를 연구공간에 배치합니다.
- 기업 조직도와 연구개발조직, 연구활동 내용을 정리합니다.
- 연구공간 도면과 현판·내부 사진 등 필요한 자료를 준비합니다.
- 기업부설연구소/전담부서 신고관리시스템에서 온라인으로 인정 신청합니다.
- 보완 요청이 있으면 정해진 기간 안에 자료를 보완합니다.
- 심사가 완료되면 온라인에서 인정서를 확인·출력합니다.
2026년 업무편람에 따르면 설립신고는 접수된 날부터 10일 이내 처리되는 것이 기본이며, 신청서 보완이나 추가 절차 등에 걸리는 기간은 별도로 고려됩니다.
신청할 때 어떤 서류를 준비할까?
신규 인정 신청에서는 온라인 시스템에 지정서식의 내용을 입력하고 필요한 첨부자료를 제출합니다.
| 구분 | 주요 자료 |
|---|---|
| 인정 신청 | 연구개발전담부서 인정 신청 관련 정보 |
| 연구활동 | 연구개발활동개요 |
| 인력 | 연구개발인력 현황 |
| 기자재 | 연구기자재 현황 |
| 기업 | 사업자등록 관련 자료 |
| 조직 | 회사 조직도 등 |
| 공간 | 층 전체도면 및 연구개발부서 내부도면 |
| 사진 | 전용 출입구·현판 및 연구공간 내부사진 등 |
서비스 분야 기업 등에는 업종과 기업규모 등을 확인하기 위한 추가자료가 요구될 수 있으므로 신고관리시스템에서 본인 기업에 해당하는 첨부서류를 최종 확인해야 합니다.
연구개발전담부서를 만들면 세액공제를 받을 수 있을까?
연구개발전담부서를 검토하는 기업이 가장 관심을 가지는 부분 중 하나가 연구·인력개발비 세액공제입니다.
2026년 현재 「조세특례제한법」 제10조에서는 내국인이 법에서 정한 연구·인력개발비를 지출한 경우 일정 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하는 제도를 두고 있습니다.
일반 연구·인력개발비의 경우 당기분 방식에서 중소기업에는 해당 과세연도 일반 연구·인력개발비의 25%가 적용되는 구조가 있습니다. 중견기업과 일반기업에는 별도의 공제율이 적용되며, 증가분 방식 등 선택 가능한 계산방식과 적용요건도 존재합니다.
신성장·원천기술이나 국가전략기술 연구개발비는 일반 연구개발비와 별도의 공제구조를 적용할 수 있으며 연구내용과 전담조직, 비용 구분 등의 요건을 추가로 확인해야 합니다.
전담부서 인정만 받으면 직원 급여를 모두 세액공제할 수 있을까?
아닙니다. 이 부분은 특히 주의해야 합니다.
연구개발전담부서 인정은 연구개발 조직에 대한 인정이고, 실제 법인세·소득세 신고에서 연구·인력개발비 세액공제를 적용하는 것은 「조세특례제한법」의 별도 요건에 따라 판단합니다.
따라서 전담부서에 등록된 직원이라고 해서 지급한 모든 급여가 자동으로 세액공제 대상 연구개발비가 되는 것은 아닙니다. 실제 연구개발업무 종사 여부, 해당 비용의 성격, 연구개발 활동의 범위와 제외 대상 등을 검토해야 합니다.
특히 일반적인 품질관리, 단순한 제품 시험, 영업지원, 반복적인 개선 등 실제 업무가 세법상 연구개발에 해당하는지 문제가 될 수 있으므로 ‘전담부서 인정 = 모든 R&D 비용 자동 공제’로 이해하면 안 됩니다.
중소기업 연구개발비 1억원이면 세액공제는 얼마일까?
간단한 예시로 살펴보겠습니다.
중소기업 A사가 해당 과세연도에 세법상 일반 연구·인력개발비로 인정되는 비용 1억원을 지출했고, 당기분 방식의 25% 공제율을 적용할 수 있다고 가정하겠습니다.
1억원 × 25% = 2,500만원
따라서 이 단순 사례에서 계산되는 연구·인력개발비 세액공제액은 2,500만원입니다.
하지만 회사 회계장부에 ‘연구개발비’로 기록된 1억원이 그대로 세법상 적격 연구·인력개발비가 된다는 의미는 아닙니다. 실제 공제에서는 연구개발의 내용, 비용 항목, 정부출연금 등 제외 대상, 연구원 업무 등을 검토해야 합니다.
연구개발전담부서 인정 후에도 관리가 필요할까?
인정서를 받았다고 절차가 완전히 끝나는 것은 아닙니다. 연구개발전담부서는 인정요건을 계속 유지해야 합니다.
예를 들어 유일한 연구전담요원이 퇴사하거나 연구공간을 이전했는데 필요한 변경 절차를 진행하지 않는다면 인정요건 유지에 문제가 생길 수 있습니다. 실제로 한국산업기술진흥협회는 휴·폐업이나 요건 미충족 등과 관련한 인정취소 절차도 운영하고 있습니다.
따라서 다음과 같은 변경이 발생하면 신고 필요 여부를 바로 확인하는 것이 좋습니다.
- 연구전담요원이 입사하거나 퇴사한 경우
- 연구개발전담부서 소재지를 이전한 경우
- 연구공간이 변경된 경우
- 기업명·대표자 등 신고정보가 변경된 경우
- 연구개발 분야나 조직에 주요 변경이 발생한 경우
특히 연구전담요원이 1명인 전담부서는 해당 직원의 퇴사로 인적요건을 충족하지 못할 가능성이 있으므로 인력변동을 더 주의해서 관리해야 합니다.
신청할 때 자주 하는 실수
첫 번째는 직원 1명만 있으면 된다고 생각하는 것입니다. 1명은 최소 인원 기준일 뿐이며 해당 직원이 연구전담요원 자격과 전담업무 요건을 충족해야 합니다.
두 번째는 신청한 다음 연구실을 만들려고 하는 것입니다. 연구소·전담부서 인정은 선설립·후신고 체계이므로 인력과 연구공간 등의 요건을 먼저 갖추어야 합니다.
세 번째는 일반 사무공간을 그대로 연구공간이라고 신고하는 것입니다. 다른 부서와 구분되는 전용 연구공간 등 물적요건을 확인하고 도면과 사진으로 이를 확인할 수 있도록 준비해야 합니다.
네 번째는 인정서를 받으면 모든 연구개발비가 세액공제된다고 생각하는 것입니다. 세액공제는 조세특례제한법에 따라 연구개발 활동과 비용의 적격 여부를 별도로 판단합니다.
다섯 번째는 인정 이후 인력변동을 방치하는 것입니다. 전담요원 퇴사나 연구공간 이전 등 변경사항이 생기면 인정요건 유지와 변경신고 필요 여부를 즉시 확인해야 합니다.
연구개발전담부서 설립 전 체크리스트
- 기업이 실제 과학기술 또는 인정 가능한 서비스 분야 연구개발활동을 수행하는가?
- 연구개발전담부서에서 수행할 연구과제가 구체적으로 정해져 있는가?
- 연구전담요원을 1명 이상 확보했는가?
- 연구전담요원의 학력·전공·자격·경력 요건을 확인했는가?
- 해당 직원이 실제 연구개발업무를 전담할 수 있는가?
- 다른 업무공간과 구분되는 연구개발 전용공간을 확보했는가?
- 사업장의 건축물 용도가 인정요건에 문제가 없는지 확인했는가?
- 연구개발에 필요한 연구기자재를 연구공간에 배치했는가?
- 조직도·도면·현판·내부사진 등 신고자료를 준비했는가?
- 세액공제를 검토한다면 세법상 적격 연구개발 활동과 비용을 별도로 구분하고 있는가?
자주 묻는 질문
연구개발전담부서는 직원 몇 명이 필요한가요?
2026년 기준 연구개발전담부서는 기업 규모와 관계없이 연구전담요원 1명 이상이 필요합니다. 다만 해당 인력이 연구전담요원 자격기준을 충족해야 합니다.
직원 1명인 회사도 연구개발전담부서를 만들 수 있나요?
단순히 전체 직원이 1명이라는 사실만으로 가능 여부를 확정할 수는 없습니다. 연구전담요원 자격과 전담 가능 여부, 기업의 연구개발활동 및 연구공간 등 다른 인정요건을 모두 확인해야 합니다.
연구개발전담부서와 기업부설연구소 중 무엇이 설립하기 쉬운가요?
인적요건만 비교하면 연구개발전담부서는 기업 규모와 관계없이 연구전담요원 1명 이상이므로 기업부설연구소보다 필요한 최소 인원이 적습니다. 다만 연구전담요원의 자격과 연구공간 등 다른 요건까지 충족해야 하므로 인원만으로 인정 가능 여부를 판단해서는 안 됩니다.
연구개발전담부서는 어디에서 신청하나요?
한국산업기술진흥협회가 운영하는 기업부설연구소/연구개발전담부서 신고관리시스템에서 온라인으로 신청합니다. 기본적으로 연구조직을 먼저 갖춘 후 신청하는 선설립·후신고 방식입니다.
연구개발전담부서를 만들면 세금이 무조건 줄어드나요?
아닙니다. 연구개발전담부서 인정과 연구·인력개발비 세액공제는 관련은 있지만 동일한 절차가 아닙니다. 실제 세액공제 여부와 금액은 조세특례제한법에서 정한 연구개발 활동과 비용 요건 및 회사의 세무상황 등을 별도로 검토해야 합니다.
중소기업의 연구개발비 세액공제율은 얼마인가요?
2026년 현재 일반 연구·인력개발비의 당기분 방식에서는 중소기업에 25% 공제율이 적용되는 구조가 있습니다. 다만 증가분 방식이나 신성장·원천기술, 국가전략기술 연구개발비에는 별도의 계산구조와 요건이 적용될 수 있습니다.
정리
연구개발전담부서를 설립할 때 가장 먼저 기억할 기준은 기업 규모와 관계없이 연구전담요원 1명 이상입니다. 하지만 이것은 최소 인적요건일 뿐이며 연구전담요원의 자격과 실제 연구업무 전담 여부, 연구공간 및 연구기자재 등의 물적요건까지 충족해야 합니다.
신청은 연구개발조직을 먼저 구성한 다음 기업부설연구소/연구개발전담부서 신고관리시스템에서 온라인으로 진행합니다. 신청 전에는 연구원의 학력·경력과 연구공간을 먼저 점검하고 조직도, 도면, 현판 및 내부사진 등 필요한 자료를 준비하는 것이 좋습니다.
또한 연구개발전담부서 인정과 세액공제를 구분해야 합니다. 인정받은 전담부서에서 연구개발을 수행하더라도 실제 연구·인력개발비 세액공제는 조세특례제한법상 연구개발 활동과 비용요건을 충족해야 하므로 법인세·소득세 신고 단계에서 별도로 검토해야 합니다.
참고자료
- 한국산업기술진흥협회 – 기업부설연구소·연구개발전담부서 제도 개요
- 기업부설연구소/전담부서 신고관리시스템 – 신규신고 인정요건
- 기업부설연구소/전담부서 신고관리시스템 – 신규신고 서류
- 기업부설연구소/전담부서 신고관리시스템 – 관련 법규
- 국가법령정보센터 – 조세특례제한법 제10조 연구·인력개발비 세액공제
- 국가법령정보센터 – 조세특례제한법 시행령 제9조 연구·인력개발비 세액공제
본 내용은 2026년 9월 16일 현재 기업부설연구소/연구개발전담부서 신고관리시스템과 관련 법령을 바탕으로 작성한 일반적인 정보입니다. 연구개발전담부서 인정 여부는 기업의 업종, 연구분야, 연구전담요원의 학력·경력·자격, 실제 업무 및 연구공간 등에 따라 달라질 수 있습니다. 또한 연구개발전담부서 인정이 연구·인력개발비 세액공제를 자동으로 보장하는 것은 아니며 실제 세액공제는 세법상 연구개발 활동과 적격 비용을 별도로 검토해야 합니다. 신청 또는 세금 신고 전에는 한국산업기술진흥협회와 국가법령정보센터 등 공식 자료에서 최신 기준을 다시 확인하시기 바랍니다.
